Thèse
L'institutionnalisation d'un espace européen de la santé : entre intégration et européanisation. Thèse soutenue en 2008 à Rennes 1, sous la direction de Patrick Hassenteufel.
Ouvrages
Sébastien Guigner, Romain Pasquier et Alistair Cole (dir.), Dictionnaire des politiques territoriales, Sciences Po Les Presses, 2020, 2e éd., Références, 627 p. 
Sébastien Guigner, Romain Pasquier et Alistair Cole (dir.), Dictionnaire des politiques territoriales, SciencesPo Les Presses, 2011, Références, 584 p.
Sébastien Guigner, L'institutionnalisation d'un espace européen de la santé : entre intégration et européanisation, [s.n.], 2008, 599 p.
Sébastien Guigner, La santé : un enjeu vital pour l'Europe, Notre Europe, 2008, 52 p.
Articles
Sébastien Guigner, « L'influence de l'Union européenne sur les pratiques et politiques de santé publique », Sciences Sociales et Santé, N° 1, 2011, pp. 81-106
Sébastien Guigner et D. Périssé, « Coopération territoriale », in Pasquier Romain, Guigner Sébastien, Cole Alistair (dir.), Dictionnaire des politiques territoriales, Presses de Science Po, 2011, pp. 103-108
Sébastien Guigner, « Administration et politiques publiques », in Pierre-Yves Baudot, Thomas Ribemont (dir.), Science politique, Sup'Foucher, 2010, pp. 107-110
